2014年1月13日的《中国社会科学报》刊发了东南大学人文学院哲学与科学系马雷教授的文章“科研经费使用可以采用‘多轨制’”。
马雷教授针对目前高校在科研经费的报销、使用等方面存在的制度性问题提出质疑。马教授认为，科研人员完成科研任务就是制造一项精神产品，当国家将科研任务交给科研人员之时，双方就构成了一种基于相互信任的契约关系，国家为科研人员提供经费资助，科研人员给国家提供优质科研产品。资助经费相当于用来购买科研产品，至于科研人员如何使用这些经费可由其根据科研需要自行支配，国家在有些环节无需过多限制、束缚。而现行科研经费的使用过程，有着繁琐的审批、报销程序和严苛的惩罚制度，使得很多科研工作者将大量的精力都耗费在经费的报销、发票的搜集整理上。基于此，马教授提出科研经费“多轨制“方案：
科研经费报销制：某些研究涉及大量科研经费的预支，例如设备费、材料费等，可能动辄几十万、几百万、几千万，个人或集体很难或无法垫付，需要列出预算，并按照预算从托管单位报销。即使科研任务没有完成，科研设备还是国家的，后续人员可以利用。这一制度是现在通行的制度，对某些理工科项目的研究有存在的必要。
科研经费提现制：某些研究涉及的科研经费不多，几万、几十万而已，个人或集体可以垫付，等完成任务后，经过国家鉴定合格的，直接从托管单位提取现金，无须经过报销环节。国家按照对成果的鉴定等级直接发放经费，优良中各不相同。对于不合格的成果，不予发放经费，并收回经费、撤销课题。这一政策主要适用于从事人文社科研究的学者，也适用于某些理工类研究的学者。
科研经费报销提现混合制：在达到一定数额的科研经费中，分出一定比例的报销经费和提现经费，对两种经费的使用制定不同的规范。目前的经费大都有一定比例的劳务费提现，但比例很小。应当扩大这个比例。除设备等必须的固定资产外，其它部分的经费，如差旅费、住宿费、会议费、版面费等都可以列入提现经费范围。(张学义)
