东南大学人文学院历史学系，与南京大学历史学院、南京师范大学社会发展学院等同源，其前身可追溯至1902年所建两江师范学堂的历史舆地科，其后南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等时期均延续史脉，以中国近代史学泰斗柳诒徵先生为首的一批史学大家曾任教于此，也培养出包括郭廷以在内的一些史学家。

2019年1月，根据国家“双一流”大学建设规划、东南大学“双一流”建设方案以及东南大学创建精品文科的学科布局和文科发展的基本规律，东南大学人文学院正式恢复设立历史学系。这是东南大学为完善学科生态、更好培养人才而作出的决议，同时也顺应了讲好中国历史、传播中华文化的新时代要求。

2020年3月，国务院学位委员会发布通知，东南大学“中国史”获批新增为硕士学位授权一级学科。人文学院历史学科在东南大学这个高平台上有了坚实的发展基础和美好前景，也为研究生培养提供了良好的环境。

目前，历史学系由王华宝教授担任系主任，毕云副教授担任系副主任，许丹任支部书记。历史学系建设初期的主要目标是结合东南大学自身的学科特色以及南京城市历史底蕴，以中国史为一级学科硕士点为基础，推动组建具有较高水平和发展潜力的历史学教学、科研团队，同时也促成一个教学团队结构合理、学科方向较全面、教育教学水平较高的历史学通识课程体系，以完善东南大学的人文通识教育。在学科建设发展过程中，历史学系奉行两个“平衡”原则：即分别在 “有特色”和“在学科”之间、“国际化”与“本土化”之间取得平衡，以打造具有长远发展潜力的、具有东南大学特色的史学品牌。

希望通过实现上述目标，使历史学系的工作与东南大学“双一流”建设以及“强势工科、优势理科、精品文科、特色医科”的世界一流大学规划相适配。